Scienza ed epistemologia procedono parallele nuove idee epistemologiche sono nate ad esempio con Platone in seguito alla nascita della matematica greca, con Aristotele, grazie progressi dell'indagine fisica e biologica e con Galileo accompagnando la nascita della fisica moderna.
Con Galileo e Cartesio prese piede nel 600 il meccanicismo cioè l'idea che tutti i fenomeni naturali avessero natura meccanica. Tale idea si affermò definitivamente con Newton che impose anche il metodo ipotetico deduttivo.
Fu dapprima l'empirismo di Hume, con la sua critica alla causalità e all'induzione, a mettere in dubbio l'università e la necessità del sapere scientifico.
Da un lato Kant ma soprattutto i successi comcreti della Scienza tra sette e Ottocento portarono il meccanicismo a trionfare nella forma del determinismo di Laplace. La nuova filosofia positivistica di Comte e Spencer fece leva quindi su meccanicismo e determinismo. Per un momento sembrò che anche l'empirismo dovesse convergere soprattutto grazie al tentativo di John Stuart Mill di giustificare l'induzione aggirando le difficoltà poste da Hume.
Ma ecco che di nuovo il positivismo entra in crisi. Gli spiritualisti criticano lo scientismo. I neokantiani e Husserl rivendicano il ruolo della soggettività nella conoscenza. E Pierre Duhem dimostra l'inverificabilità separata delle ipotesi scientifiche. Per Poincarrè il sapere è solo convenzionale. Per i pragmatisti americani è solo ciò che ga differenza nel reale.
Qui entra il neopositivismo del circolo di Vienna e il tentativo di risistematizzare la scienza.